炎症从局部的肛隐窝和肛门瓣开始，逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎症。假如炎症不能得到控制，就可能侵入到抗病能力低的组织间隙之中。

鉴于肛门直肠周围组织间隙的抗病能力下降，便成为病菌入侵、扩散、积聚繁殖的地方，致使这里的组织容易感染发炎，而逐渐形成肛门直肠周围脓肿。

若肛门直肠周围脓肿在早期能够处理得当，往往可使脓肿消散；如延误早期的治疗时机或处理不当，组织坏死脓液可顺其局部间隙扩散，使病情加重、复杂化。因此，应尽早手术切开引流，使脓液排泄，控制炎症发展。

肛门直肠周围脓肿自行破溃或经切开引流、换药处理后，脓腔逐渐缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，中间遗留之间隙，就是瘘管，瘘管和肛门相通，使肛周反复感染，脓液经常顺着瘘管从皮肤破溃处流出，形成外口，经久不能治愈，此时肛瘘形成。